Хищные беспозвоночные представлены скорпионами, пауками, жуками. Бледно-желтые скорпионы рода Buthus активны ночью, днем скрываются среди опада под кронами кустарников или в собственных норках. Обычны по ночам в песчаных пустынях сольпуги (Galeodes, Rhagodes), поедающие мелких беспозвоночных. Они находят их на поверхности почвы или раскапывают песок в поисках зарывшихся в него личинок насекомых и мелких ящериц.

Наиболее заметны в пустынях ящерицы. Они охотятся на открытых местах, численность этих мелких животных обычно высокая, поэтому именно ящериц можно назвать фоновой группой животных пустынного ландшафта. В сахаро-аравийских пустынях многочисленны ящерицы из родов ящурка {Eremias), круглоголовка (Phrynocephalus), агама (Agama).

Для каждого типа субстрата характерны свои виды данного рода. Ящурки роют небольшие норы, а круглоголовки предпочитают закапываться в песок в любом подходящем месте. В толще песка охотятся за мелкими насекомыми сцинки (Scincus, Chalcides), песчаные удавчики (Егух). Около больших нор встречаются крупные, до 75 см в длину (вместе с хвостом) ящерицы-шипохвосты (Ummasryx aegyptius) из семейства агамовых. Шило-хвосты охотно поедают листья, цветы и плоды травянистых растений и мелких кустарничков. Они активны даже в полуденную жару, но периодически прячутся в своих норах для охлаждения.

На ветвях кустарников затаиваются тонкие и быстрые песчаные змеи (Psammophis). Их основная добыча — мелкие ящерицы. Немало в Сахаре ядовитых змей из семейства гадюковых (Viperidae) — рогатая гадюка {Cerastes cerastes), песчаная эфа (Echis carinatus), есть и представители семейства аспидовых (Elapi-dae) — египетская кобра (Naja haje).

В Сахаре распространены наземные черепахи, поедающие сочную растительность. Они впадают в спячку, закопавшись глубоко в почву, на 8—9 месяцев в году. Наиболее обычны мелкие (до 12 см в длину) египетские черепахи (Testudo kkimanni).